คนึง ฦาไชย ทำงานเป็นอัยการในกรมอัยการ กระทรวงมหาดไทย (ในขณะนั้น) ต่อมา ใน พ.ศ. 2516 ย้ายจากกรมอัยการเข้าทำงานในสำนักงานปลัดกระทรวงมหาดไทย ในระหว่างปี พ.ศ. 2515 จนถึง พ.ศ. 2516 ยังทำหน้าที่ของสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ[4] ต่อมาในปี พ.ศ. 2519 เมื่อ ธานินทร์ กรัยวิเชียร ได้รับพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี เขาจึงได้รับเชิญให้มาทำงานในตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย[5] จึงต้องลาออกจากราชการซึ่งในขณะนั้นกำลังดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงมหาดไทย

นอกจากนั้นเขายังทำหน้าที่สอนหนังสือในมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยรามคำแหง สำนักอบรมศึกษากฎหมายแห่งเนติบัณฑิตยสภา กระทั่งในปี พ.ศ. 2535 เขาจึงได้รับปริญญานิติศาสตร์ดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์จากคณะนิติศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย[2]